En esta temporada, Dexter mata a un hombre en defensa propia y se inicia una amistad con el hermano del hombre, quien es el Asistente Fiscal de Distrito, Miguel Prado. Mientras tanto, Rita descubre que está embarazada, y Debra investiga los asesinatos de un asesino en serie, llamado El despellejador, con la esperanza de obtener un ascenso a detective. Además de Miguel Prado, la tercera temporada de Dexter presenta a dos personajes recurrentes: Desmond Harrington como el detective Joey Quinn, quien se convierte en compañero de Debra cuando se transfiere desde el departamento de narcóticos a homicidio, y Anne Ramsay como Ellen Wolf, una abogada defensora a quien Miguel detesta.
