Transcurre el año 2071. La tripulación de la nave Bebop, inicialmente compuesta por Spike Spiegel y Jet Black, viaja por todo el sistema solar en busca de recompensas. A lo largo de sus aventuras se incorporan tres nuevos personajes a su tripulación: Faye Valentine, Ed y, la mascota, Ein. Durante sus aventuras se desvela la tortuosa relación entre el protagonista Spike y su viejo camarada Vicious, lo que conduce al desenlace de la serie. La relación de Spike con los demás coprotagonistas, y sus trasfondos, se dejan entrever en los capítulos intermedios de la serie.
